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기업부설연구소 설립 신고 | 중용행정사사무소

기업부설연구소 설립 신고는 연구개발 전담조직을 공식 인정받아 세제 혜택과 정부 지원을 받을 수 있는 제도입니다. 이 글에서는 기업부설연구소 설립 신고 신청을 준비하는 분들을 위해 법적 근거, 자격 요건, 신청 절차, 반려 사유 및 실질적 혜택을 정리했습니다.

1. 기업부설연구소 설립 신고 제도 개요 및 법적 근거

실제 수임 사례와 최신 실무 정보는 중용행정사 실무 블로그에서 확인하실 수 있습니다.

기업부설연구소 설립 신고 신청 절차 관련 이미지

제도의 정의

기업부설연구소는 기업이 제품 또는 서비스의 연구개발을 전담하기 위해 독립적으로 설치·운영하는 조직으로, 한국산업기술진흥협회(KOITA)에 신고하여 인정받는 연구전담조직입니다. 연구개발전담부서를 포함하여 총 세 가지 유형으로 구분되며, 각 유형별로 요건이 다릅니다.

⚖ 법령 근거

「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의2(연구개발전담부서의 인정)에 따라 기업은 연구전담조직을 설치하고 산업통상자원부 장관이 지정한 전문기관의 인정을 받을 수 있습니다.

동법 시행령 제12조의2시행규칙 제6조의2는 인정 절차와 신청 서류를 규정하며, 산업통상자원부 고시 제2025-189호 「기업부설연구소 및 기업부설창작연구소 인정요령」이 세부 기준을 제시합니다.

인정 기관 및 관련 법령

구분 법령명 주요 내용
상위법 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 제14조의2(연구개발전담부서의 인정)
시행령 동법 시행령 제12조의2(인정 절차)
시행규칙 동법 시행규칙 제6조의2(인정 신청)
고시 산업통상자원부 고시 제2025-189호 인정요령 (2025.12.1. 개정)

인정 업무는 한국산업기술진흥협회(KOITA)가 전담하며, 신청부터 인정서 발급까지 전 과정을 온라인으로 처리할 수 있습니다.

2. 기업부설연구소 설립 신고 신청 자격 요건 및 필수 제출 서류

신청 자격 요건

기본 요건

  1. 사업자등록: 국내 사업자등록을 완료한 영리법인 또는 개인사업자
  2. 업력 제한: 없음 (창업 직후에도 신청 가능)
  3. 업종 제한: 전 업종 가능 (제조업, 소프트웨어, 서비스업 등)

연구소 형태별 세부 요건

A. 기업부설연구소 (독립형)

항목 세부 요건
전담 연구원 2명 이상 (대표자 제외, 상시근로자)
연구전담요원 학사 이상 또는 동등 경력자
연구시설 독립된 연구공간 (전용면적 30㎡ 이상)
연구장비 연구개발 활동에 필요한 장비 보유
조직 독립성 생산·영업 부서와 독립된 조직

B. 기업부설연구소 (비독립형)

항목 세부 요건
전담 연구원 5명 이상 (대표자 제외)
연구시설 전용 연구공간 구분 필요 (면적 제한 없음)

C. 연구개발전담부서

항목 세부 요건
전담 연구원 3명 이상 (대표자 제외)
연구시설 별도 공간 불필요
⚑ 실무 포인트

대표이사는 연구원 수에 포함할 수 없습니다. 다만, 연구전담요원으로는 인정 가능하므로 연구책임자 역할을 부여할 수 있습니다. 모든 연구원은 4대 보험 가입이 필수이며, 신청일 기준 최소 1개월 이상 가입 이력이 있어야 합니다.

연구전담요원 자격 기준

학력 기준

  1. 박사학위 소지자
  2. 석사학위 소지자
  3. 학사학위 소지자
  4. 전문학사(2~3년제) 소지자

경력 인정 기준

  1. 고졸 + 연구경력 6년 이상
  2. 전문학사 + 연구경력 4년 이상
  3. 학사 + 연구경력 인정 (경력 불문)
  4. 석사 이상은 경력 불문
⚠ 주의

계약직도 1년 이상 근로계약 시 인정되며, 근로계약서 및 4대 보험 가입확인서 제출이 필수입니다. 타 부서 겸직자는 연구전담요원으로 인정받을 수 없으므로 근로계약서에 연구개발 업무 전담을 명시해야 합니다.

필수 제출 서류

기본 서류 (공통)

1. 인정신청서
KOITA 온라인 양식
2. 사업자등록증 사본
국세청 발급 최신본
3. 법인등기부등본
대법원 발급 (3개월 이내)
4. 조직도
연구조직 명시
5. 연구시설 현황
사진 첨부

연구인력 관련 서류

  1. 연구전담요원 명부 (KOITA 양식)
  2. 재직증명서 (전 연구원, 3개월 이내)
  3. 4대 보험 가입확인서 (전 연구원, 1개월 이내)
  4. 학위증명서 또는 졸업증명서 (전 연구원)
  5. 경력증명서 (해당자만)
  6. 근로계약서 사본 (전 연구원)

시설·장비 관련 서류

  1. 연구시설 배치도 (평면도 포함)
  2. 연구시설 사진 (내부 전경 5장 이상)
  3. 건물등기부등본 또는 임대차계약서
  4. 연구장비 목록 (KOITA 양식, 취득가액·수량 명시)
  5. 연구장비 사진 (주요 장비별)

연구활동 증빙 서류

  1. 연구개발 계획서 (최근 1년 이내)
  2. 연구개발 실적 보고서 (기존 실적이 있는 경우)
  3. 지식재산권 증명서 (특허, 실용신안 등, 있는 경우)

모든 서류는 KOITA 온라인시스템(https://www.rnd.or.kr)을 통해 전자 제출하며, PDF 파일 형태로 업로드해야 합니다. 기업 인증·조달 전문 수임사례 보기에서 실제 신청 사례를 확인할 수 있습니다.

3. 기업부설연구소 설립 신고 단계별 신청 절차와 소요 기간

전체 신청 절차 개요

1단계
사전준비
(1~3개월)
2단계
온라인 신청
(1~2일)
3단계
서류심사
(10~15영업일)
4단계
현장실사
(5~7영업일)
5단계
인정서 발급
(5~7영업일)

1단계: 사전준비 (1~3개월)

준비 체크리스트

연구전담요원 2명 이상 채용 (4대 보험 가입 완료)
독립된 연구공간 확보 (30㎡ 이상)
연구장비 구입 및 배치
연구개발 계획 수립
조직도 작성 (연구조직 독립성 확보)
필수 서류 준비

예상

항목 초기 투자
연구원 인건비 (2명) 1,
연구공간 임차료 100~
연구장비 구입 500~3,
합계 1,300~1, 500~3,

2단계: 온라인 신청 (1~2일)

신청 방법

  1. KOITA 홈페이지(www.koita.or.kr) 접속
  2. 회원가입 및 로그인
  3. [연구소인정] → [인정신청] 메뉴 선택
  4. 온라인 신청서 작성
  5. 필수 서류 PDF 업로드
  6. 신청 완료 (접수번호 확인)

신청 : (부가세 포함, 신용카드 또는 계좌이체)

신청은 연중 상시 접수되며, 제출한 서류는 수정이 불가능하므로 신중하게 작성해야 합니다.

3단계: 서류심사 (10~15영업일)

심사 기준

  1. 연구전담요원 자격 적격성 (학력, 경력, 4대 보험 가입 여부)
  2. 연구시설 독립성 및 전용면적 충족 여부
  3. 연구장비 보유 현황
  4. 조직의 독립성 및 전담성

심사 결과는 적합, 보완 요청, 부적합 세 가지로 구분되며, 보완 요청 시 7일 이내 추가 서류를 제출해야 합니다.

4단계: 현장실사 (5~7영업일)

실사 내용

  1. 연구시설 현장 확인 (독립성, 면적, 배치)
  2. 연구장비 실물 확인
  3. 연구전담요원 면담 (재직 여부, 연구 활동 확인)
  4. 연구 활동 실태 점검
💡 실무 팁

현장실사 당일에는 연구원 전원이 출근해야 하며, 연구실을 정리정돈하여 연구 활동 흔적을 명확히 보여줄 수 있도록 준비해야 합니다. 연구노트, 회의록 등 활동 증빙자료를 사전에 준비하면 실사가 원활하게 진행됩니다.

5단계: 인정서 발급 (5~7영업일)

실사 통과 후 온라인 시스템에서 인정서를 다운로드할 수 있으며, 원본은 우편으로 발송됩니다. 인정서 유효기간은 발급일로부터 3년이며, 국가R&D지식정보포털(www.ntis.go.kr)에 자동 등록됩니다.

전체 소요 기간 및 총괄

단계 소요 기간 예상
1단계: 사전준비 1~3개월 1,000~5,
2단계: 온라인 신청 1~2일
3단계: 서류심사 10~15영업일
4단계: 현장실사 5~7영업일
5단계: 인정서 발급 5~7영업일
총계 약 2~4개월 약 1,055~5,

갱신 절차

인정 유효기간 만료 3개월 전부터 갱신 신청이 가능하며, 갱신 는 입니다. 갱신 시에는 최근 3년간 연구개발 실적을 증빙해야 하며, 연구전담요원과 연구시설을 유지하고 있어야 합니다.

4. 반려 사유 및 보완 대응 방법

반려 사유 1위: 연구전담요원 자격 미달 (42%)

주요 반려 사례

사례 1: 4대 보험 가입 기간 부족신청일 기준 4대 보험 가입 1개월 미만인 경우 반려됩니다. 규정상 최소 1개월 이상 4대 보험 가입이 필수이므로, 가입 후 1개월 경과 후 재신청하거나 가입 기간이 충족된 다른 연구원으로 대체해야 합니다.
사례 2: 학력 증빙 불충분졸업증명서 미제출 또는 학위 인증 불가 시 반려됩니다. 학교 또는 교육부 학점은행에서 정식 증명서를 발급받아야 하며, 외국 학위는 한국학력인증원(CHEI) 인증서를 제출해야 합니다.
사례 3: 대표이사를 연구원 수에 포함대표이사는 연구원 수에서 제외되므로, 대표를 제외하고 2명 이상의 연구원을 확보해야 합니다. 대표는 연구책임자로만 등재할 수 있습니다.
사례 4: 타 부서 겸직연구원이 영업, 생산 등 타 업무를 겸직하는 경우 반려됩니다. 근로계약서 및 직무기술서에 연구개발 업무 전담을 명시하고, 타 부서 업무 배제 확인서를 제출해야 합니다.

반려 사유 2위: 연구시설 독립성 미흡 (31%)

주요 반려 사례

사례 1: 연구공간과 생산·사무 공간 미분리연구실과 사무실이 같은 공간에 혼재된 경우 반려됩니다. 파티션 또는 벽으로 연구공간을 분리하고, 연구실 전용 출입문을 설치하여 물리적 분리를 명확히 해야 합니다.
사례 2: 연구시설 전용면적 부족독립형 연구소는 전용면적 30㎡ 이상이 필수입니다. 면적이 부족한 경우 추가 공간을 확보하거나, 연구원 5명 이상을 확보하여 비독립형 연구소로 전환해야 합니다.
사례 3: 연구시설 사진 불명확사진이 흐리거나 연구공간 전체가 보이지 않는 경우 반려됩니다. 고해상도 사진을 다양한 각도에서 재촬영하고, 연구실 출입문 및 간판 사진을 추가 제출해야 합니다.

반려 사유 3위: 연구장비 보유 미흡 (18%)

주요 반려 사례

사례 1: 연구장비 실물 미보유장비 목록에 기재했으나 현장실사 시 실물이 없는 경우 반려됩니다. 장비 구입 후 현장실사를 재진행하거나, 미보유 장비를 목록에서 삭제 후 재신청해야 합니다.
사례 2: 연구장비와 업종 불일치소프트웨어 개발 기업이 하드웨어 장비만 보유한 경우 등 업종과 장비가 불일치하면 반려됩니다. 업종에 맞는 장비를 추가 구입하고, 연구개발 계획서와 장비 목록의 일치성을 확보해야 합니다.
사례 3: 일반 사무용 기기만 보유일반 PC, 프린터만 기재한 경우 반려됩니다. 연구개발 전용 장비(고사양 워크스테이션, 서버, 개발 소프트웨어 라이선스 등)를 보유해야 합니다.

반려 시 재신청 절차

반려 통보 즉시 재신청이 가능하며, 횟수 제한은 없습니다. 다만, 재신청 는 신규 신청과 동일하게 이 부과되므로, 반려 사유를 완벽히 보완한 후 재신청하는 것이 중요합니다. KOITA 담당자와 사전 상담(☎ 02-3460-9022)을 통해 보완 방향을 확인하는 것을 권장합니다.

실제 수임 사례

문의 안내

기업부설연구소 설립 신고 관련 업무 상담이나 대행을 원하신다면 중용행정사사무소로 연락 주세요. 복잡한 절차는 저희에게 맡기시고 사업 운영에 집중하시면 됩니다.